E' situata tra il Foro Romano e il Tempio di Venere. La prima realizzazione risale al IX secolo, quando venne edificata sopra un oratorio voluto da Paolo I. Fu ricostruita nel XIII secolo per volontà del papa Onorio II e fu spesso rimaneggiata.
Nonostante la dedica originaria della chiesa, sia a Santa Maria Nova, in riferimento all’altra chiesa del Foro Romano intitolata a Santa Maria, e detta appunto Antiqua, essa è più comunemente nota col nome di Santa Francesca Romana, assai venerata presso il popolo romano e sepolta nella cripta.
Vi sono sepolti:
Antonio Ribo, Marino Vulcani, Pierre Roger De Beaufort detto "Gregorio XI", Uguccione Brandi
Nel 1600 la chiesa fu rinnovata in stile barocco ad opera di Carlo Lombardi con la facciata tutta di bianco travertino che comprende in alto una finestra balcone ed è raccordata al portico che si estende in basso.
Appartiene invece al XII secolo l'alto campanile romanico a cinque ordini ornato con inserti in maiolica e croci di porfido e da finestre a doppie bifore.
L'interno è a navata unica con cappelle laterali ed un ricco soffitto ligneo a cassettoni. Da ricordare i mosaici absidali risalenti al XII secolo raffiguranti la Madonna col Bambino e Santi; la preziosa icona della Madonna Glycophilusa, opera del V secolo, anticamente conservata in Santa Maria Antiqua, e i due interessanti monumenti funebri: uno dedicato a papa Gregorio XI; un altro a Antonio da Rio, castellano di Castel Sant’Angelo nella prima metà del Quattrocento, qui raffigurato a cavallo, unico esempio di tale ritrattistica nelle chiese di Roma.
Nella chiesa si trova una lastra di pietra con le impronte, si dice, delle ginocchia di San Pietro e San Paolo.